石学敏丹芪偏瘫胶囊 https://m-mip.39.net/nk/mipso_4335719.html年7月，美国食品药品监督管理局（FDA）发布了关于抗病毒药物产品提交二代测序数据的指南。指南为抗病毒药物产品向FDA提交二代核苷酸序列分析程序以及支持耐药性评估数据提供了意见。
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一、背景信息
为保护公共卫生、避免出现可能传染他人并导致不能通过已批准药物产品控制疾病暴发的新型耐药和交叉耐药病毒变异体，提供准确的耐药性信息势在必行。FDA对开发中的抗病毒药物产品相关的耐药性数据进行独立分析，从而确保在新审批的抗病毒药物产品说明书中对产品耐药性进行表征分析和解释。此外，FDA要求将宿主靶向基因的核苷酸序列分析数据用于多态性分析，以此确定基于不同种群的等位基因是否对疗效有影响。
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二、二代数据提交要求
FDA要求申请人应当提交详细的方案来描述样本处理和二代测序技术（NGS）分析程序。同时每个研究的数据应提供基于种群测序、适合分析的病毒耐药性数据格式，显示基线和无效序列，并在氨基酸与参考序列相同时使用空白细胞。FDA建议申请人在与FDA协商后，建立耐药性数据集的灵敏度水平，或者提供选择灵敏度水平的理由。提供显示每个研究或研究亚组（例如各基因型、各剂量）的主要替换的高水平汇总的表格。申请人应当提供：（1）频率表来报告所有频率大于或等于1%的与基线不同的氨基酸替换。（2）以fastq格式提供每次序列运行中的所有原始NGS数据，拼接的序列比对可以选择以“.fas”“.ace”“.sam”或“.bam”格式提交。（3）适当的参考序列以及用于任何参考比对的信息。（4）基线或参考共有序列并陈述该序列是如何得出的。（5）对于从头拼接，以fastq格式提供所有大于个核苷酸的重叠群。
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三、NGS检测要求
NGS方案中包含以下通用方案设计元素：（1）受试者、研究时间点和待分析的样本矩阵的描述；（2）待使用的NGS平台的描述，包括所有相关的性能特征；（3）待分析的目标基因区域名称和大小；（4）通用分析策略（例如：鉴别相对于原型株的改变，比较同一受试者不同时间点的序列）；（5）检测的覆盖水平，对于一些病毒载量较低的样本可能不能在满足要求的覆盖水平下产生拼接，申请人应当鉴别不能达到该覆盖水平的样本；（6）用于鉴别、过滤或处理测序错误的方法描述。获得可靠测序结果的关键是模板制备，因此待测序的样本代表了正在分析的种群，应对以下信息进行描述：从样本中提取核酸的方法；从污染背景核酸中纯化病毒序列的方法；浓缩病毒核酸的方法，包括每个样本用于逆转录聚合酶链式反应（RT-PCR）（病毒RNA）或PCR（病毒DNA）反应的估算目标拷贝数；变性次级结构的方法；生成双链DNA（dsDNA）的方法（包括引物的描述、纯化dsDNA用于测序的方法）；NGS文库制备的方法等。
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四、NGS数据分析方法和报告要求
序列数据的提交必须包括对用于分析测序数据集和原始序列信息分析流程的全面描述，这样FDA才能进行独立的数据分析。报告应当包括（1）每个序列运行测序的序列总数，测序序列的质量评分，测序序列的平均长度，为降低平台特异性误差影响而进行的任何误差评估的描述，以及有关采用了何种修饰参数来清除潜在序列误差或者去除未能满足任何质量或长度阈值的测序序列的信息。（2）用于向
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